El 24 de febrero de 1590, casi un año después de que Luis de Carvajal El Mozo sea aprehendido, se celebra el Auto de Fe donde él y su familia serían reconciliados tras confesar sus errores, pues como indica Luis, en ello radicaba seguir conservando la vida. La condena fue prisión perpetua y portar el denigrante hábito del sambenito, pero los lugares elegidos para sus encierros les fueron favorables. Luis fue enviado al Hospital de Convalecientes, donde sirvió de sacristán manteniendo intacta su fe hacia Adonai.
La persona asignada por el Santo Oficio para custodiar a los Carvajal fue Fray Pedro de Oroz, anciano de mucha virtud que administraba el Colegio de la Santa Cruz de Tlatelolco. Dada la instrucción de Joseph Lumbroso, el fraile le asignó la tarea de ayudarle en la enseñanza de gramática a los naturales y con la copia de cartas y sermones. Confiando en el buen comportamiento del joven Carvajal, el fraile franciscano le otorgó un preciado obsequio: la llave de la biblioteca del Colegio. Para Luis fue una señal más, otro de los milagros de Adonai que supo aprovecharlo asumiendo la responsabilidad de realizar tablas, traducir al castellano diversos salmos y pasajes del Antiguo Testamento y transcribir en varios librillos esos textos para regalar a sus hermanas y amigos. Luis no cabía de felicidad. La misericordiosa mano de su Señor Adonai le brindaba la oportunidad de salvar su ánima y la de su familia.